El museo está actualmente en un profundo proceso de cambio debido al Proyecto de Ampliación y Reforma puesto en marcha.El 31 de Enero de 2011 se inauguró la primera fase: el edificio de ampliación, abierto ya al público con más de 3.000 m2, y que dispone de servicios al público, sala de exposiciones, laboratorio de restauración, área de reservas, despachos, una gran biblioteca y archivo¿ Y una exposición temática: Córdoba, encuentro de culturas a la que se une como una pieza mas del discurso la parte del yacimiento arqueológico conservado en el sótano, abierto también a la visita pública.Esta exposición, que muestra importantes piezas de la colección permanente, permanecerá abierta hasta el término de la siguiente fase de actuación: la adecuación museográfica del Palacio renacentista con una nueva instalación de la exposición permanente, así como la conexión y puesta en valor de todas las zonas donde se conserva el yacimiento arqueológico.
