Im Ortsbild von Obergünzburg nimmt die Südsee-Sammlung Obergünzburg eine besondere Rolle als Sammlung zur Kulturgeschichte der melanesischen Inselwelt ein.
Ausgangspunkt war die private Sammlung des gebürtigen Obergünzburger Seefahrers Karl Nauer. Zwischen 1906 und 1913 befuhr er als Kapitän des Passagierdampfers „Sumatra“ für den Norddeutschen Lloyd die Inseln Melanesiens und brachte zahlreiche Objekte und Bilddokumente mit. Zu den mitgebrachten Stücken zählen mehr als 300 Glasplattendias sowie Gebrauchs- und Kultgegenstände, von einfachen Speeren bis hin zu filigran geschnitzten Totenmasken. Im Jahr 1913 übergab Nauer die Sammlung mit über 1 500 Exponaten an die Gemeinde Obergünzburg; die Gemeinde ehrte ihn durch Ernennung zum Ehrenbürger und die Benennung einer Straße.
Die Präsentation der Sammlung erfolgte zunächst auf dem Dachboden der „Mädchenschule“ und wanderte später in den denkmalgeschützten Pfarrstadel. Dieser musste 1990 wegen dringender Sanierungsarbeiten geräumt werden. Zwischen 2005 und 2009 wurde neben dem im ehemaligen Pfarrhof eingerichteten Heimatmuseum Obergünzburg ein Neubau errichtet, finanziell gefördert durch Mittel der Europäischen Union. Seit der Eröffnung im Mai 2009 befindet sich die Sammlung dort und ist dauerhaft untergebracht.
Heute dokumentiert die Südsee-Sammlung Obergünzburg mit Objekten und Fotografien die Begegnungen eines frühen 20.‑Jahrhundert‑Seefahrers mit der Alltags- und Ritualkultur Melanesiens und bildet damit eine wesentliche Quelle für die Verbindung lokaler Museumsgeschichte und außereuropäischer Kulturzeugnisse.