Das Museum wurde 1992 eröffnet. Es entstand auf städtische Initiative und befindet sich in öffentlicher Trägerschaft. Beim Ausstellungsgebäude handelt es sich um die ehemalige, 1507 erbaute Dorfkirche von Jebenhausen. Sie wurde 1966 durch die neu erbaute Jakob-Andreä-Kirche ersetzt und profaniert. Die ehemalige Kirche ist in besonderer Weise mit dem Ausstellungsthema verbunden: Die Deckenleuchter und das erhaltene Gestühl waren ursprünglich Ausstattungsstücke der Jebenhäuser Synagoge. Nach Schließung der Synagoge 1899 wurden diese Gegenstände den Christen geschenkt, die damit die bescheidene Kirchenausstattung verbessern konnten.
Seit 2019 ist die komplett überarbeitete Dauerausstellung zu besichtigen.
Im 19. Jahrhundert hatte Jebenhausen (seit 1939 Stadtbezirk von Göppingen) eine der größten jüdischen Gemeinden Württembergs. Die Ausstellung handelt von der Geschichte der Juden in Jebenhausen und Göppingen. Diese begann 1777 mit der Ausstellung eines Schutzbriefs für jüdische Familien durch die Ortsherrschaft der Herren von Liebenstein.