Im südöstlichen Teil der Lübecker Altstadt liegt das St.-Annen-Kloster; heute bildet es das Museumsquartier St. Annen und gehört zum Lübecker Museum für Kunst- und Kulturgeschichte. Das Ensemble befindet sich nahe der Aegidienkirche und schließt an die dortige Synagoge an.
Zwischen 1502 und 1515 entstand hier eine spätgotische Klosteranlage, deren kompakte Baugestalt den besonderen städtebaulichen Verhältnissen Rechnung trug. Der Grundstein wurde am 20. August 1502 gelegt; noch vor der Fertigstellung wurden auf dem Bauplatz in einer provisorischen Holzkapelle Gottesdienste gefeiert. Chor, Kreuzgang und Glocken waren bereits 1508 geweiht, 1515 waren die Gebäude bezugsfertig. Das Haus wurde der Heiligen Anna geweiht und als Niederlassung von Augustiner-Chorfrauen geführt; zahlreiche Zuwendungen Lübecker Familien sicherten Bau und Unterhalt. In der Reformationszeit sanken die Spenden; nach der Beschlussfassung zur Reformation wurde das Kloster bald geschlossen, Teile der Gemeinschaft kehrten in ihr Mutterhaus zurück, die Stadt übernahm die Liegenschaft 1538, und die letzten Nonnen verließen das Haus 1542.
Nach der Säkularisation wandelte sich die Anlage mehrfach: Zunächst diente die Kirche als Lager, ab 1601 wurden Räume als Armen- und Werkhaus nach englischem Vorbild genutzt. Chor und vordere Joche wurden für den Gottesdienst wiederhergerichtet, nördliche Seitenschiff und westlicher Kirchenbereich beherbergten Werkstätten und Lager. Auf dem St.-Annen-Kirchhof fanden Bedürftige anonyme, kostenfreie Bestattungen statt. Später kamen Zuchthausfunktionen hinzu, 1778 wurde ein zusätzlicher Flügel, das Spinnhaus, errichtet, sodass Armenpflege und Strafvollzug unter einem Dach lagen. Das Haus versorgte und betreute Waisenkinder und Bedürftige; die Zahlen der Unterstützten stiegen von einigen Hundert im 17. Jahrhundert auf über tausend im 19. Jahrhundert. Brände beschädigten Teile der Anlage im 19. Jahrhundert; die Kirche wurde 1875 größtenteils abgebrochen. Bis 1908 dienten Teile weiterhin als Zuchthaus, danach erfolgte die Übernahme durch eine gemeinnützige Gesellschaft, die die mittelalterlichen Kunstschätze zusammenführte, die unter anderem durch Sammlungen von Carl Julius Milde ergänzt wurden. Das St.-Annen-Museum wurde 1915 eröffnet.
Die Erdgeschossräume bewahren weitgehend ihre historische Substanz: Kreuzgang, Refektorien, der große Remter, Kapitelsaal und die Sakristei sind noch aus der Entstehungszeit erhalten; in der Südwestecke liegt das Kalefaktorium. Von der dreischiffigen Klosterkirche blieb die untere Fassade zur St.-Annen-Straße mit Portal sowie der Treppenturm mit doppelläufiger Wendeltreppe erhalten; Chor und Seitenschiffe sind teilweise einstöckig erhalten. Der moderne Museumszugang nimmt bewusst die Formen der ehemaligen Kirche auf.